Nieuwe rampen in 1527

Het jaar 1527 bracht nieuwe rampen. Het oude Sticht was politiek jammerlijk verdeeld en de slotheer van 't Huis ter Eem, vlakbij Eembrugge onder Baarn, hield van daaruit zijn plundertochten in de omliggende dorpen. Soest werd weer het kind van de rekening. De politieke toestand in die dagen was zeer verward. Karel V, machtig als geen andere vorst in Europa, was bezig het aan twist en tweedracht onderhevige bisdom Utrecht te annexeren. De Hollanders ontvingen toen de steun van de machtige vorst en joegen in 1527 Hendrik van Beieren uit Utrecht naar Wijk bij Duurstede.

De meeste edelen in het Sticht hadden hun kerkvorst in de steek gelaten, echter niet Jacob van Zuylen van Nyevelt, een krijgsman in hart en nieren. Bisschop Hendrik benoemde hem tot kastelein van het Huis ter Eem. De nieuw benoemde kastelein hield zijn strooptochten in Eemland tot onder de muren van Amersfoort. Van Zuylen van Nyevelt maakte het tenslotte zo bont, dat hij moest  verdwijnen. Zijn heer en bisschop vertrouwde hem niet meer. Hij werd opgevolgd door Alfert van IJzelmonde, doch deze bleek nog onbetrouwbaarder te zijn dan zijn illustere voorganger. De expansiepolitiek van Karel V, heer van het Heilige Roomse Rijk der Duitse Natie, koning van Spanje, graaf van Holland, Zeeland, Vlaanderen enz., vond een tegenstander in Karel van Egmond, beter bekend als Karel van Gelre, en dit werd de dorpen in Eemland nogmaals noodlottig.

Karel van Gelre wilde liever strijd dan vrede. Hendrik van Beieren, bisschop van Utrecht, wilde wel onderhandelen, maar de Geldersen zetten de strijd voort, daar een groot deel van het Oversticht nog steeds in hun handen was. De bisschop van Utrecht hoopte op steun van de keizer, maar zijn onderdanen wilden en konden hem op die weg niet volgen. Vandaar de breuk met de bisschop. Utrecht koos de partij van de hertog van Gelre. Doordat keizer Karel in een oorlog met Frankrijk werd betrokken, werd het Hollandse leger grotendeels teruggetrokken. Hertog Karel van Gelre profiteerde hiervan en organiseerde onder de glorieuze legeraanvoerder Maarten van Rossum strooptochten op het platteland van het Sticht, waar men de bisschop trouw bleef. Eén dezer tochten leidde naar Soest, waar de troepen verschrikkelijk huis hielden.

„Des Zaterdags voor onzer Vrouwen Visitatio, anno 1543", trok het garnizoen van Amersfoort, dat daar lag om de stad te verdedigen tegen de gevreesde van Rossum, naar Nukerk, om het stadje te plunderen. De maarschalk kreeg door zijn verspieders en boodschappers hiervan bericht en viel direct met zijn troepen Eemland binnen en richtte grote schade aan in Leusden, Soest en andere dorpen. Grondig werden de beide kloosters Mariënhof en Mariënburg, het laatste gelegen in de Birkt, door de woeste soldaten geplunderd. Al de monniken uit het convent joegen zij weg en zij namen alles mee, wat los en nagelvast zat. Het nonnenklooster Mariënburg, waarin de orde der Brigittijnen was gevestigd en dat aan de Eemweg was gebouwd, nabij de tegenwoordige boerderij „Het Klooster", verging het niet beter. Van Rossums krijgsknechten kenden geen genade: „sij spoileerden die vrouwen en gingen daar kwalijck mee om", schrijft een tijdgenoot over dit gebeuren.

Maarten van Rossum (1478-1555) leefde in een woelige overgangsperiode: de middeleeuwen liepen ten einde en de ontdekking van Amerika luidde een nieuw tijdperk in. De geschiedenis van deze tijd, samenvallend met de voortschrijdende Reformatie, was vervuld van bittere en harde strijd. Telkens hoorde men in de Stichtse dorpen het gedreun van de aanrukkende soldeniers, het geroffel der trommen en het luidruchtig gezang van de voetknechten. Bij de  bewoners op het platteland heerste een beklemmende angst voor de ruwe soldaten en hun aanvoerder en velen dachten aan het Gelderse spreekwoord van die dagen:
Twee Maartens stellen de geheele wereld in roeren.
De eene plaagt de kerk, de ander de boeren.
Kennelijk worden met deze twee Maartens Luther en Maarten van Rossum bedoeld.

De oorlogsellende herhaalde zich in 1629. Tijdens de 80-jarige oorlog sloeg onverwacht de Spaanse legeraanvoerder Montecuculli het beleg voor Amersfoort om prins Frederik Hendrik te dwingen het beleg voor 's-Hertogenbosch op te breken. Deze Spaanse afleidingsmanoeuvre had ernstige gevolgen voor Amersfoort en de omliggende dorpen. Weer was de oude kerktoren, in de Kerkebuurt te Soest, een stille getuige van de bloedige tonelen, die zich afspeelden. Montecuculli's troepen stroopten de hele omtrek rondom Amersfoort af. Het was een „godloos en barbarisch volk", aldus de  geschiedschrijver van Bemmel, en hij vervolgt: „Zij sloegen kisten en kasten met geweld open en deeden de Borghers hunne kleederen uittrekken en namen die mede. Zij achteden niemand en stelden haar aan als of het al vijand was, zo dat men 't geschrei en gekarm van alle kanten hoorden." Vele wandaden werden door deze soldaten bedreven; maar de Soester boer ploegde voort. Telkens richtte het oude dorp zich weer op en herstelde de bevolking zich van de felle slagen.